玉御殿は、第二尚氏王統を開いた尚円王にゆかりのある王族墓所です。尚円王の両親、姉、叔父、叔母およびその子孫の遺骨が納められていると伝えられています。伊是名島と第二尚氏王統との深い関係を今に伝える、重要な歴史遺構です。
この玉御殿は、尚円王の子で第二尚氏第三代国王・尚真王（在位1477〜1527年）が、首里に王家の陵墓「玉陵」（世界遺産）を築いた後、尚円王の生誕地である伊是名島にも特別な墓所として築かせたものと伝わっています。尚真王にとって伊是名は父の故郷であり、本墓所は王家の墓所に次ぐ重要な位置づけを持っていたとされています。
本墓所は、尚円王の子である尚真王の治世下に整えられたと伝えられています。尚真王は王権の強化と祭祀制度の整備を進めた国王で、首里に王家の玉陵を築いた後、父の生誕地である伊是名島にも王家ゆかりの墓所を設けたと考えられています。そのため玉御殿は、首里王府と地方を結ぶ象徴的な存在であったと位置づけられています。
玉御殿は当初別の場所にありましたが、三度の移設を経て、1688年に現在の場所で石造に改められました。現在の姿は、琉球王国時代の墓制や石造建築の特徴をよく残しています。