玉御殿是與開創琉球王國第二尚氏王朝的尚圓王淵源深厚的王族墓所。據說這裡安葬著尚圓王的父母、姊姊、叔父、叔母及其後裔的遺骸。作為承載著伊是名島與第二尚氏王朝之間密切關係的重要歷史遺跡，至今仍向世人傳述著那段歷史。
相傳這座玉御殿是由尚圓王之子，即第二尚氏的第三代國王尚真王（1477～1527年在位）所建。其在首里修建了王室陵墓「玉陵」（世界遺產）後，為紀念尚圓王誕生於伊是名島，而在此建造了這座特別的墓所。對尚真王而言，伊是名島是父親的故鄉，因此該墓所的地位僅次於王室陵墓。
伊是名島的玉御殿是供奉以尚圓王為始祖的尚家先祖的王族陵墓。據傳這裡安葬著尚圓王的父母、姐姐、叔父、叔母及其後裔，以及尚家先祖的遺骸，彰顯了伊是名島與第二尚氏王朝的建立有著千絲萬縷的緊密聯繫。
據傳本墓所是由尚圓王之子尚真王在位期間修建的。尚真王致力於強化王權，並推進祭祀制度的完善，在首里修建了王家玉陵後，又在父親的誕生地伊是名島設立了與王室淵源深厚的墓所。因此，玉御殿被視為連接首里王府與地方的重要象徵。
玉御殿最初位於別處，歷經三次遷移後，於1688年在現址改建為石造建築。其現存形態完整保留了琉球王國時代的墓葬制度及石造建築的特徵。