玉御殿是与开创琉球王国第二尚氏王朝的尚圆王渊源深厚的王族墓所。据说这里安葬着尚圆王的父母、姐姐、叔父、叔母及其后裔的遗骸。作为承载着伊是名岛与第二尚氏王朝之间密切关系的重要历史遗迹，至今仍向世人传述着那段历史。
相传这座玉御殿是由尚圆王之子，即第二尚氏的第三代国王尚真王（1477～1527年在位）所建。其在首里修建了王室陵墓“玉陵”（世界遗产）后，为纪念尚圆王诞生于伊是名岛，而在此建造了这座特别的墓所。对尚真王而言，伊是名岛是父亲的故乡，因此该墓所的地位仅次于王室陵墓。
伊是名岛的玉御殿是供奉以尚圆王为始祖的尚家先祖的王族陵墓。据传这里安葬着尚圆王的父母、姐姐、叔父、叔母及其后裔，以及尚家先祖的遗骸，彰显了伊是名岛与第二尚氏王朝的建立有着千丝万缕的紧密联系。
据传本墓所是由尚圆王之子尚真王在位期间修建的。尚真王致力于强化王权，并推进祭祀制度的完善，在首里修建了王家玉陵后，又在父亲的诞生地伊是名岛设立了与王室渊源深厚的墓所。因此，玉御殿被视为连接首里王府与地方的重要象征。
玉御殿最初位于别处，历经三次迁移后，于1688年在现址改建为石造建筑。其现存形态完整保留了琉球王国时代的墓葬制度及石造建筑的特征。